История создания компании идет от утвержденного 12 февраля 1912 года императором Николаем II закона «О некоторых изменениях в порядке открытия аптек», которым ликвидировалась аптечная монополия государства и земствам было разрешено открывать аптеки в любом количестве.

Так появилась аптечная сеть г.Москвы, задачей и деятельностью которой все эти годы было качественное обеспечение населения и лечебно-профилактических учреждений города лекарственными средствами, изделиями медицинского назначения и другой медицинской продукцией. 

В соответствии с Распоряжением Департамента имущества города Москвы от 21.11.2013 года №11228 «О приватизации ГУП «Столичные аптеки»» была проведена приватизация ГУП «Столичные аптеки» и создано ОАО «Столичные аптеки», правопреемником которого стало АО «Столичные аптеки».

АО «Столичные аптеки», являясь продолжателем дел государственной аптечной сети, динамично и планомерно улучшает не только свой внешний облик, но и качество обслуживания, сохраняя в своей работе позитивный настрой к покупателю, уважение к личности и достоинству человека, обслуживает покупателей только с соблюдением норм правовых актов, регулирующих профессиональную фармацевтическую деятельность.